本院成立迄今已逾11年，期間內外部環境與條件均歷經顯著變遷，為提升資源運用效益與人力配置彈性，適時啟動組織調整，以優化整體營運效能，並持續朝向前瞻發展目標邁進，經114年3月24日本院第四屆第六次董事暨監察人聯席會議通過組織調整案，並於114年10月18日正式上路。

原「動物科技研究所」、「植物科技研究所」及「水產科技研究所」三所，經整併重整為「動植物生產與健康研究所」、「農業設施與環境研究所」及「農業資材與加值研究所」，以強化跨領域整合、聚焦研發能量，並推進必要之業務前瞻發展；原「農業政策研究中心」更名為「農業政策研究所」，使其名稱與其業務職掌相符；「總管理處」更名為「行政服務處」，以更精確反映實際業務執掌定位；另因應策略規劃與資源整合管理之需要，新增設「企劃發展處」。

另為聚焦農業關鍵人才需求，培育農業前瞻科技與產業創新發展的多元專業人才，設立跨單位任務編組之「產業學院」；以及為提供農業生技檢測與農產品查驗證服務，加速產品商品化及促進綠色農業發展，設立跨單位任務編組之「檢測與查驗證服務中心」。

本院組織調整後之組織架構說明如下圖: