目前實驗室研究與服務方面，主要在動物免疫系統、癌症醫學、動物病原拉曼圖紋表現、腦科學、發光二極體降解與清除由害物質開發等。業界服務主要從事生技醫藥研發標的功效測試與後續檢測和判讀，包括動物用疫苗安全與效力測試、動物疾病模式建立、抗癌功效測試、機能作物保健功效驗證及病理判讀等。

1. 重要豬病病原微生物核酸檢測。
2. 重要家禽病原微生物核酸檢測。
3. 犬貓重要病原微生物核酸檢測。
4. 豬隻血清抗體檢測。
5.  家禽血清抗體檢測。
6. 動物用疫苗功效試驗。
7. 動物用疫苗田間試驗。
8. 生技產品動物功效評估
9. 詳見技術服務網頁

豬病學及肉品衛生研究室由孫豫芬副研究員負責。臺灣生產醫學服務團隊集合多位獸醫畜牧專業人員，旨在協助豬場藉由生物安全措施，改進生產模式和阻絕外來病原，並淨化場內病原；標準化生產技術面的各項飼養管理操作，以強化豬隻健康管理；邀請國內外專家學者組成國際化專業的養豬技術諮詢團隊，以協助養豬產業生產管理、疾病監控、豬場轉型和產業升級等服務；並提供產業界和農民可隨時應用和查詢所需的知識和職能，以有效降低飼養成本、減少損失和增加生產效益。實驗室同時配合主管機關執行畜禽屠宰場之相關業務，以協助屠宰衛生檢查教育訓練、屠宰場衛生管理及相關法規與資訊分析等，以提供國內肉品衛生管理部門政策推動之參考依據。

1. 生產醫學團隊：輔導豬場生產流程規劃、生產系統整合、牧場經營的託管、人才培訓和亞洲區豬場顧問團。
2. 教育訓練與推廣網站：以規劃人才訓練模組、豬/牛/羊/鹿/家禽生產管理訓練課程和參考書籍，以及實地輔導並建置教育網站。
3. 推動畜牧場管理轉型：提供生物安全、生產系統、批次生產、統進統出、疾病防控及動物生產與健康管理等資訊，著實讓豬場育成率進步卓著。同時擴展服務範圍至亞洲國家，以達到全球化的技術推廣服務。
4. 建構肉品安全無縫管理體系：降低肉品污染率，提升衛生安全和品質。目標任務包括畜禽屠體表面微生物污染監控、屠宰衛生檢查系統監控與提升、屠檢專業人員培訓與強化、屠宰場軟硬體設備和技術之改善與建議，以及屠宰衛生檢查政策和制度之推動等。

1. 提供豬場全方位的服務：豬場管理諮詢、生產效率提升、生產成本降低、生產管理標準化、新場規劃、營養管理、育種管理。
2. 示範場建立：包括一週批示範場、三週批示範場、場的規劃、生物安全、標準操作程序、成效分析和整場託管等。
3. 豬場獸醫諮詢：豬隻健康諮詢、生物安全體系優質化、免疫計畫用藥諮詢、疾病診斷治療。
4. 專業人才培訓：生產管理實務培訓、經理人訓練模組、獸醫師訓練模組、技術員訓練模、業務人員訓練模組和海外考察培訓。
5. 屠宰衛生管理資訊傳播：屠宰衛生檢查專業訓練、屠宰場衛生監控與管理資訊、屠檢爭議病材分析。

協助產業建立畜牧相關產業在飼養、屠宰分切及販售端之追溯與履歷，透過建立安全控管、追溯與產銷履歷系統，即可追溯、追蹤畜產品從生產、運輸、屠宰、分切、加工、包裝、流通、販售等各階段的資訊，有效提升業者獲利與消費者對其畜產品之信賴度。

1. 畜產品產銷履歷驗證機構。
2. 畜產品加工技術/配方調製。

營養生理實驗室以實驗牧場與檢驗設備提供產品效能檢定服務，進行飼料、飼料添加物、生技產品、副產物應用之動物試驗，提供檢驗分析技術文件，藉由與試驗單位、學研機構合作研究，促進製程優化與產品加值，，並透過飼料添加物產學研聯盟交流平台，依據市場產品需求，導入關鍵技術與開發潛力資材，推動飼料添加物研發成果之應用。

1. 動物營養、飼養、脂肪營養研究。
2. 家畜禽動物試驗服務。
3. 飼料及飼料添加物效能、副產物應用試驗服務。
4. 相關產業服務及委託試驗。

1. 家畜禽生長試驗。
2. 免疫指標檢測。
3. 血液生化檢測。
4. 肉品、蛋品性狀檢測。
5. 微生物菌相檢測。
6. 消化率檢測。
7. 飼料添加物產學聯盟聯絡服務。

動物疾病與病理檢測實驗室，為了提供多樣化的病理學及血清學診斷服務，以接受政府或民間之委託試驗，目前的服務項目包括動物全套健康監測之病理檢查、試驗動物屍體解剖與肉眼病理診斷、組織切片製作、組織切片一般染色 (H&E stain)、組織切片特殊染色 (Histochemistry stain)、免疫染色(Immuno-histochemistry stain) 與組織切片判讀以及動物疾病血清學診斷(Serological diagnosis)等服務。

組織病理診斷與血清學檢測，在經濟動物的健康監測中扮演相當重要的角色，藉由動物解剖後的組織病理檢查與血清學檢測的結果相配合，不僅可達到即時診斷即時防疫的目的，亦可應用於動物不同疾病模式的研究。

1. 草食動物血清抗體ELISA檢測服務。
2. 客製化病理切片及染色服務。
3. 動物疫苗安全性試驗/田間試驗服務。
4. 豬口蹄疫、豬瘟、豬假性狂犬病血清抗體測試。

動物疾病監測實驗室為生物安全第二等級實驗室(Biosafety level 2 laboratory)，由蔡敬屏副研究員負責運作管理，主要工作任務為自民國87年(1998年)7月起對臺灣豬群進行流行性感冒監測計畫，分離培養病毒及檢測血清抗體。至今已檢出豬流行性感冒病毒的型別有A型(H1N1、H3N2、H1N2及H3N1等4種亞型)與B型維多利亞種系(Victoria lineage)，並建立豐富的病毒及血清流行病學資料庫。目前應用融合瘤技術產製流行性感冒病毒特異性單源抗體，以開發臺灣本土流行之豬流行性感冒病毒(包括2009年新流感H1N1病毒的豬分離株)快速診斷套組。並利用自美國聖猷大兒童研究醫院(St. Jude Children’s Research Hospital)引進之逆向遺傳工程技術(Reverse genetics)，以深入研究豬流行性感冒病毒與開發豬用的臺灣本土豬流行性感冒病毒(包括新流感H1N1病毒)疫苗。未來將在豬流感之疾病監測及病毒流行病學、田間快診套組與逆向遺傳工程疫苗開發等領域的原有堅實基礎上持續作出貢獻。近來也承接過檢測其他豬隻常見病原的工作任務，如豬生殖與呼吸綜合症(PRRS)、假性狂犬病(PR)、傳染性胃腸炎(TGE)等，並受委託製備火雞紅血球懸浮液(turkey RBC suspension)、山羊高免抗體血清(goat hyperimmune sera)等，以及執行與衛生福利部公告之第二危險群(Risk group 2)病毒、細菌等微生物有關的委託試驗計畫(如消毒劑效力測定、疫苗效力與安全性測定)和其他以細胞株、雞胚胎蛋培養等為測試方式的委辦任務等推廣服務項目。

1. 疾病監測: 病毒流行病學。
2. 診斷工具: 田間快診套組。
3. 疫苗研發: 逆向遺傳工程。

1. 豬流行性感冒病毒分離培養、核酸檢測、亞型鑑定、種源分析、抗體檢測與型別鑑定。
2. 火雞紅血球懸浮液(5% v/v turkey RBC suspension) 製備。
3. 山羊高免抗體血清(goat hyperimmune sera)製備。
4. 豬隻常見病原檢測、分離培養、抗體檢測與型別鑑定。
5. 衛生福利部公告之第二危險群(Risk group 2)病毒、細菌等微生物檢測、分離培養、抗體檢測與型別鑑定。
6. 消毒劑效力測定委託試驗。
7. 疫苗效力與安全性測定委託試驗。
8. 以細胞株、雞胚胎蛋培養等為測試方式的委辦工作。

藥物化學分析實驗室由洪紹文 博士主持，位於動物科技研究所行政研究大樓2F。曾於2012年取得ISO/IEC 17025認證 (編號：2623)，先後協助多家養豬場之藥物殘留分析檢驗，並成為農委會農產品產銷履歷制度推動之檢驗實驗室。為了提供優質檢測服務，近年來不斷開發新的檢驗服務項目、積極改善設備，目前實驗室設備有紫外光液相層析儀 (HPLC/UV)、螢光液相層析儀 (HPLC/FL)、極致效能液相層析儀 (UPLC)、氣相層析質譜儀 (GC/MS)、液相層析質譜儀 (LC/MS)、液相層析串聯式質譜儀 (LC/MS/MS) 及感應耦合電漿質譜儀 (ICP/MS)。藥物化學分析實驗室亦接受專案委託如檢測方法開發及藥物動力學委託等。

1.    畜禽產品動物用藥物殘留檢測。
2.    畜禽產品多重藥物殘留快篩檢測。
3.    動物用藥品成分分析。
4.    重金屬檢測。
5.    一般成分分析。
 

1.    酰胺醇類檢測。
2.    四環黴素類檢測。
3.    磺胺劑類檢測。
4.    受體素類檢測。
5.    三聚氰胺檢測。
6.    藥物殘留快篩檢測。
7.    客製化檢驗分析。
8.    詳見技術服務網頁。